國際權威科學機構對于轉基因食品的評價是“至少跟同類傳統食品一樣安全”，或者說“其食用風險并不比傳統食品更大”。
事實上，我們還可以從另外一個角度來分析轉基因食品的安全性。傳統育種種出來的玉米，經常被玉米螟蟲啃食，而被咬過的玉米在下雨后，很容易發生霉變，從而產生強致癌物黃曲霉素以及致畸的伏馬毒素。黃曲霉素的毒性是氰化鉀的5倍，會造成嚴重的健康問題。轉基因抗蟲玉米能夠防止被蟲咬，也就減少了發霉帶來的致癌問題。
與雜交育種、誘變育種等相比，轉基因育種更為精準、過程可控、性狀可預期。雜交育種可能一次導入的就是上千上萬個基因，形成數以百萬計的基因組合；輻射誘變育種一次可能導致成百上千個基因突變，既有我們需要的突變，也有我們不需要的突變。轉基因育種一次只轉入一個或幾個基因，轉入的是什么基因，插入的位置在哪, 后代是什么情況，清清楚楚。
也有人會說，“雜交育種只是同種植物之間的交流，而轉基因植物導入的是跨物種的外源基因，更危險”。實際上，如果它們成為食物進入人體，人的消化系統根本不會管這些基因從哪來，都“一視同仁”地進行消化。
需要提及的是，“純天然”或“自然食品”只是一個相對的概念, 畢竟人類的食物都是經過幾百甚至上千年的育種、選擇而來的，但即使是人類上千年“挑”出來的食品，也不一定是安全的。很多人爰吃蕨根粉，蕨根粉源自蕨菜，蕨菜也是南方人很爰吃的一道野菜，但蕨菜中的原蕨苷具有致癌性；燒烤、腌制食品會增加致癌風險。所以, 并不是祖先“吃了上千年”的食品就是安全的。（來源：《思維上的困惑——公眾關心的轉基因問題》）
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