Table of Contents

歷史

(資料圖)

安裝

基本使用方法

向 Zotero 中加入文獻

功能小結

插件安裝方法

Better BibTex 設置

Zotfile 同步設置

結語

在視頻 【從零搭建Emacs個人知識庫】什么是雙鏈筆記與 org-roam 初體驗 中, 我們介紹了個人知識庫與卡片盒筆記的基本概念. 盧曼的卡片盒筆記系統大致將筆記分為3類: 靈感筆記, 文獻筆記與永久筆記. 我們的學習和科研也離不開大量文獻的閱讀. 因此, 如何在我們的筆記系統中加入與文獻或文獻筆記的聯系就至關重要. 今天我將給大家一款簡單實用的文獻管理軟件: Zotero. Zotero 可以幫助我們收集文獻的引用信息, 以及管理文獻的 pdf 全文. 下一期我們將介紹如何把 Zotero 整合到 org-roam 的工作流程中. 我使用 Zotero 也有10年時間了, 這絕對是一個對科研幫助很大的工具.

歷史

Zotero 原本是火狐 (Firefox) 瀏覽器中的一個插件, 用于從網頁上讀取文獻信息或保存網絡快照等, 在火狐上可以直接使用, 而在其它瀏覽器上需要配合瀏覽器插件. 2017 年 Zotero 5.0 發布, Zotero 成為一個獨立的軟件. 在所有瀏覽器中使用都需要同時運行 Zotero.

安裝

Zotero 和它的瀏覽器插件 (Zotero Connector) 都可以從它的官網: https://www.zotero.org/download/上下載. Zotero 的PC端支持 Windows, MacOS, Linux 等系統, 移動端暫時只支持蘋果系統, 但在安卓上有第三方軟件. 瀏覽器插件支持 Edge, Chrome, Safari 以及 Firefox 等主流瀏覽器.

基本使用方法

Zotero 的界面從左至右分為3部分. 中間是文獻列表, 右邊是當前選中文獻的信息, 包括標題, 作者等. 具體的信息類型會根據文獻的類別, 如期刊文獻, 書藉, 網頁, 學位論文等, 而有所有不同. 最左邊是用戶自己設置的收藏夾 (collection), 可以嵌套, 用于文獻的整理和分類.

同一個文獻可以出現在多個不同的收藏夾. 把文獻加入收藏夾的方式很簡單: 用鼠標拖動文獻至指定的收藏夾即可.這里有一個小技巧, 按住 <ctrl> 并點擊文獻, 左邊一欄就會高亮文獻出現的所有收藏夾.

除了按照主題分類文獻外, 我也常會把同一研究課題相關的文獻放在同一個收藏夾. 當需要撰寫課題相關的論文時, 可以使用 Zotero 的導出功能, 將同一個收藏夾內的參考文獻信息導出成 .bib 文件. 如果不用 LaTeX 進行寫作, 也可以導出成其它常見格式用于論文寫作. 導出文獻非常靈活, 你也可以 選中任意數目的文獻, 然后鼠標右鍵菜單中選擇導出即可.

文獻可以有附件, 一般是 pdf. 這里的 pdf 文件既可以是下載文獻信息時 Zotero 自動下載的, 也可以是你手動添加的. 當文獻有 pdf 附件時, 只要雙擊就能在 Zotero 的內置 pdf 閱讀器內打開. 最新的 pdf 閱讀器效果還是很不錯的, 可以高亮批注等等, 也可以與 Zotero 其它文獻閱讀功能配合, 當然我們最終會使用 Emacs 中的 org-noter 來進行文獻閱讀. 你也可以設置用電腦上其它的 pdf 閱讀器打開 pdf 的默認閱讀器.

向 Zotero 中加入文獻

Zotero 的強大就在于它加入文獻的方式非常靈活. 主要用下面3種方式.

通過瀏覽器中的 Zotero Connector 插件

通過文獻的標識碼

通過本地的 pdf 文件

在第一種方法中, 打開任意包含文獻的網站 (最好是期刊官網), 點擊 Zotero 插件的圖標就可以自動讀取網頁上的文獻信息. 如果網站上允許下載 pdf 全文, Zotero 還會自動下載. 對于普通網頁, Zotero 默認會保存網頁快照. 這在10年前網速和流量短缺時是一很有用的功能, 可以在有限的時間內快速保存網頁以便以后閱讀, 如今用處不大了.

第二種方法支持的標識碼包括 DOI, ISBN, Arxiv ID 等. 點擊 Zotero 文獻列表上左起第二個畫筆的小圖標, 輸入標識碼, 就可以自動下載文獻和 pdf 文件.

這里推薦大家盡量使用前兩種方式下載, 因為這樣可以保證你在論文寫作時, 所引用的參考文獻的信息是準確無誤的. 這里首要是保證文獻信息的來源準確. 當你有了文獻信息后, 也可 c 通過其它手段下載 pdf 全文, 然后在 Zotero 中用右鍵點擊文獻, 選擇添加 pdf 附件 (attachment).

如果實在不得已, 你也可以采用第三種方法: 手動從本地的 pdf 文件創建一個文獻條目. 方法是點擊文獻列表上左起第一個綠色的加號, 選擇 Store copy of file. Zotero 會嘗試從 pdf 文件中讀取文獻的信息并生成一個文獻條目.

我們在使用中重復添加一個文獻是很常見的, 比如說你可能幾年前找過這個文獻, 但你忘記了, 后來又在做另一個課題的時候碰到了. 在 Zotero 中有一個很方便的功能, 可以快速整合不同版本的文獻信息. 點擊左側收藏夾最下面的 Duplicate Items, 就會顯示文獻庫中所有重復的條目. 我們可以手動選擇保留哪一個版本的標題, 作者, 期刊信息等, 然后選擇 Merge, 將不同版本的文獻合并成同一個條目.

功能小結

總結起來, Zotero 實現了如下核心功能

收集并整理文獻信息

根據需要導出文獻引用信息

管理文獻 pdf

因為 Zotero 還有一個強大的生態, 所以它的功能遠不止上面介紹的這些. 我平時使用更多是把 Zotero 作為個人資料庫里文獻管理的一個入口, Zotero 的其它功能也可以在 Emacs 中更好地實現. 但是在這里還是要向大家介紹兩個非常實用的 Zotero 插件: Better BibTeX 和 ZotFile.

Better BibTeX 可以優化導出 .bib 文件時引用鍵名的生成, 還可以對導出的 .bib 文件實時更新. 它也是 Zotero 與其它筆記軟件, 如 Org-Roam, Obsidian, Roam Research 等進行交互的必備插件.

ZotFile 補充了一些 pdf 文件管理的功能. 它可以自動對 pdf 附近按自定義規則重命名, 并用個人網盤同步, 解決 Zotero 的同步問題.

插件安裝方法

要安裝 Zotero 插件, 我們首先在它的插件網站上下載對應的 .xpi 格式文件, 然后打開 Tools -> ?add-ons , 選擇從文件進行安裝即可.

Better BibTex 設置

Better BibTex 的設置在 Edit -> Preference 下.

首先修改引用鍵名的格式. 比如這里我推薦的一個設置是 authorsAlpha+year+shorttitle(3,3)

authorsAlpha: 采用 bibtex 中的 alpha 風格; 單作者取姓的前3字母, 2個以上取首字母

year: 4位數字年份

shorttitle(m,n): 標題前 m 個單詞, 其中前 n 個單詞首字母大寫

大家可以在 https://retorque.re/zotero-better-bibtex/citing/ 中找到更多的設置鍵名設置的原則是在突出重要信息的前提下盡量簡短. 也方便有時我們直接在 pdf 文件目錄進行搜索 (如在手機和平板上).

第二, 為了保證鍵名的唯一性, 大家可以在下面勾選 across all libraries.

最后, 我們可以設置 Better BibTeX 自動更新導出的 .bib 文件. 當我們選中一個收藏夾并且導出時, 選擇 Better BibTeX 格式, 并且勾選下面的 "自動更新". 然后, 我們在 Better BibTeX 的設置的 Automatic Export 這一頁就可以看到剛剛導出的 .bib 文件了. 我們可以把更新的頻率選為 On change, 即隨時更新.

Zotfile 同步設置

在 Edit -> Preference -> Sync 下面, 大家可以注冊并登錄 Zotero 帳號實現不同設備間的同步. 但是 Zotero 的免費空間只有500M, 這對于 pdf 文件的同步是不夠的. 所以建議大家用下面介紹的 ZotFile 同步 pdf 附件, 而讓 Zotero 只負責同步文獻信息.

Better BibTeX 的鍵名無法同步, 但是只要規則相同, 產生的鍵名是一樣的. 在新機器上建議大家先設置好 Better BibTeX 的鍵名規則, 再登錄 Zotero 帳號同步文獻信息. 如果已經同步了文獻信息, 則需要手動更新所有的 Better BibTeX 鍵名, 大的文獻庫需要幾分鐘的時間.

下面我們講解 Zotfile 的設置. 設置界面在 Tools -> ZotFile Preference 菜單下.

第一步, ?我們設置在 General Settings -> Custom Locations 下設置一個同步目錄. 這里你可以設置為個人網盤里一個子目錄. 下面還有一個是否使用子文件夾的選項, 沒必要勾選, 因為子文件夾不方便搜索, 而且 Zotero 本身的收藏夾功能已經對文獻做好分類了. 存儲時沒必要再分一次類.

第二步, 我們給 ZotFile 設置一個統一的命名規則, 用于給新添加的 pdf 文件重命名. 設置在 Renaming Rules 下面. 這里推薦使用 %b, ?即采用了之前 BibTeX 的鍵名作為文件名.步, 因為 ZotFile 可以自動給 所以我們要設置一個d. 利于我們在不同機器上的使用. ?這樣設置也可以方便筆記軟件在讀取 .bib 文件時能通過鍵名更快地找到對應的 pdf 文件. 也方便我們自己的查打.

最后, 我們在 Advanced Settings -> automatically rename new attachment 中選擇 alwasy rename. 這樣可以對對 Zotero 自動下載的 pdf 文件自動重命名并移動至我們的個人網盤中. ?如果你是手動加入的 pdf 文件, 也可以手動重命名并移動 pdf 文件. 方法是右鍵點擊文獻條目, 選擇 rename and move .

結語

以上就是 Zotero 的基本設置. 下次我們會介紹如何在 org-roam 筆記流程中整合 Zotero, 包括

Emcas 中讀取 Zotero 文獻數據庫并進行引用

每一條引用的 Zotero 文獻建立一則 org-roam 筆記

將上述筆記作為 org-noter 筆記文件, 在 Emacs 中閱讀 Zotero 文獻的 pdf 附件

關于 org-roam 和 org-noter 大家可以參考我的視頻 BV1qV4y1Z7h9 與 BV1Tc411s7Tu.